Het museum beschikt over een kerncollectie die afkomstig is uit een plaatselijke, enige jaren geleden beëindigde permanente expositie over de visserij. Daarnaast zijn door particulieren, bedrijven, oud-vissers en musea objecten aan het museum toegezegd. Het museum zal deze beschikbaarstelling vastleggen in bruikleenovereenkomsten en schenkingscontracten.
Het museum heeft zich nadrukkelijk een educatieve rol gesteld. Aangeboden materiaal dient binnen deze doelstelling te passen. Een aannamecommissie zal het materiaal toetsen en selecteren aan de hand van een aannameprotocol. De registratie van de objecten zal digitaal worden vastgelegd in een registratieprogramma.
De permanente expositie in het museum wordt opgebouwd rond de thema’s:
Termunterzijl als schakel in de afwatering (waterschappen, zijlen, gemalen)
Termunterzijl en de koopvaardij (kustvaart en trans-Atlantische vaart)
Termunterzijl als woonplaats van welgestelde scheepseigenaars (Golden Zieltje)
Termunterzijl en de visserij (kuulvisserij, kottervisserij, Noordzeevisserij)
Termunterzijl als centrum van garnalenvisserij (visserij, drogerijen, thuispellerij)
Het museum krijgt een varend object. Dit is de authentieke vissloep TM 48, die in het kader van een werkleerproject in Zoutkamp wordt gerestaureerd en vervolgens om niet wordt overgedragen aan de Stichting Visserijmuseum Termunterzijl. Deze boot wordt voor het museum afgemeerd en zal worden ingezet voor demonstraties. Desgewenst kunnen ook vaartochten worden ondernomen. Daarnaast zal de boot worden ingezet voor representatieve doeleinden in de regio.